- 民國98年3月3日，本會會員宮南投埔里通天堂創建100週年，本會理事長廖武治應邀參加典禮。
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- 民國98年3月25日，本會理事長廖武治應立法院內政委員會之邀參加「宗教團體法」草案公聽會，並表達意見。
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- 民國98年4月4日，本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮舉行「2009保生文化祭」開鑼式，邀請總統馬英九、文建會主委黃碧端、內政部常務次長簡太郎、臺北市長郝龍斌共同主持開鑼，本會有臺北縣蘆洲保和宮、臺南縣學甲慈濟宮，宮高雄市苓雅區鼓山亭，新竹市仙水鎮安宮等參加。
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- 民國98年4月6日，本會副理事長宮臺南縣學甲慈濟宮舉辦上白礁謁祖遶境祭典，本會理事長廖武治應邀參加。
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- 青礁慈濟宮於去年籌拍「慈濟春秋─保生大帝」電視劇，據臺灣聯合報98年3月26日影劇版載：「由民視、廈門廣電集團及北京春天影視傳媒共同投資的「神醫大道公」是一部大劇，邀請兩岸三地一流演員飾演保生大帝及其他角色。」，此舉對保生大帝的信仰及濟世的精神能藉由戲劇得以發揚，實乃信眾所盼，但在報導中說，「神醫大道公」主要是描述保生大帝行醫及媽祖戀愛的故事云云；然此劇情史實不符且荒誕不經，有辱保生大帝崇高神格，本會於3月31日發函廈門海滄區區長林國耀轉達本會意旨，獲區政府鼎力協調後，據臺灣聯合報4月17日聯合報影劇版再次刊載，製作單位表示已將劇本修改為以「保生大帝行醫救人故事」為主軸，劇情將不涉及「大道公與媽祖戀情」等題材。
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- 民國98年4月18日，廈門青礁慈濟宮舉辦第四屆「保生慈濟文化節」，本會理監事宮廟及顧問共90人參加，另常務理事宮金門縣烈嶼保生大帝廟有300人參加。4月16日下午至青礁慈濟宮及鳳和宮參香、17日上午至保生大帝祖籍地安溪玉湖殿參香。18日上午在青礁慈濟宮前廣場舉行開幕式，下午參加「保生慈濟與閩臺中醫藥文化」學術研討會、19日上午至白礁慈濟宮及孚惠宮參香。
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- 本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮所諷誦的《大道真經》，是在民國34年左右，由士林鸞堂慎修堂的扶鸞所造，內容詳敘保生大帝的生平，從其祖籍、行醫、求師訪道、醫人濟世、登天界、念塵世、現神蹟，救苦救難救災救劫等事蹟，是保生大帝信仰極為重要的經典，但瞭解其深妙義理的恐不多，因此，臺北保安宮特別將大道真經作譯註，期盼我保生大帝弟子能領略大道真經的內涵。
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- 民國98年5月2日，本會第一屆第四次理監事會議在臺南市外塭仔和濟宮召開。
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- 民國98年5月30日至31日，本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮以道教神譜為主題，邀請學者專家撰述論文，並公開發表舉行「2009年道教神祇學術研討會」，本會宮廟有高雄市鼓山亭、臺南市市仔頭福隆宮、雲林縣元長鰲峯宮、屏東縣佳冬萬壽宮、屏東市龍虎宮、南投縣埔里天旨宮參加。
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- 民國98年6月11日，本會理事長廖武治前往高雄縣林園鄉半廍保生宮拜訪，聽取保生宮新建宮廟工程進度情形，隨後至高雄縣大寮保安宮參訪，是日下午前往本會監事主席宮南投縣草屯龍德廟參訪，關心草屯龍德廟廟前新建牌樓工程，臺北市大龍峒保安宮並捐助工程經費。
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- 民國98年6月21日，本會常務理事宮高雄市苓雅區鼓山亭遭一名穿雨衣的歹徒潑灑汽油縱火，部分神像焚燬，有近半的建築遭燒毀。
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- 民國98年7月19日，大陸福建省閩臺交流協會副會長即福建省臺灣事務辦公室巡視員韋忠慈、交流處長陳式海、福建省委統戰部副部長庄奕賢、公安廳副廳長李清、福建省臺灣同胞聯誼會副會長柯連妹等一行8人拜訪本會理事長廖武治，並就兩岸宗教文化交流交換意見。
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- 民國98年7月22日中國時報頭版報導：由臺灣、廈門兩岸共同投資拍攝的電視劇《神醫大道公》，劇情中描述保生大帝行醫及媽祖戀愛的故事云云；然此劇情史實不符且荒誕不經，有辱保生大帝崇高神格，經本會於3月31日發函表示不妥後，製作單位表示已將劇本修改為以「保生大帝行醫救人故事」為主軸，劇情將不涉及其他題材。
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- 民國98年7月28日，內政部為獎勵97年辦理社會公益慈善及教化事業績優宗教團體，此次本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮、副理事長宮臺南縣學甲慈濟宮、高雄市後勁聖雲宮、理事宮臺南縣歸仁仁壽宮、常務監事宮臺南縣北門東隆宮等獲內政部表揚。
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- 民國98年8月15日，本會第一屆第一次常務理監事會議於理事長宮臺北市大龍峒保安宮召開，會中通過：(一)大陸福建廈門海滄、漳州龍海兩政府已取得共識，自明年起保生大帝聖誕文化節活動，將擴大在兩岸輪流舉辦，即由白礁慈濟宮、青礁慈濟宮及臺灣宮廟輪流主辦，2010年在臺灣舉辦，由臺北市大龍峒保安宮主辦，2011年在大陸舉辦，由漳州龍海白礁慈濟宮主辦，2012年在臺灣舉辦，由臺南學甲慈濟宮等宮廟主辦，2014年在大陸舉辦，由廈門海滄青礁慈濟宮主辦，2015在臺灣舉辦。(二) 莫拉克颱風重創南臺灣，本會提撥貳佰萬元賑災，以協助災民安置與重建為主。另外，請本會各宮廟提報境內如有需要關懷的受災戶發給慰問金。
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- 莫拉克颱風賑災捐款累計至98年10月6日捐款金額總計：新臺幣339萬元整。其中理事長宮：臺北市大龍峒保安宮50萬元，副理事長宮：臺北縣蘆洲保和宮30萬元、臺南縣學甲慈濟宮30萬元、高雄市後勁聖雲宮30萬元，常務理事宮：臺南縣仁德保華宮15萬元、高雄市鼓山亭15萬元、高雄市廣濟宮15萬元、臺南市大觀音亭興濟宮15萬元，監事主席宮：南投縣草屯龍德廟30萬元，監事副主席宮：臺中市元保宮15萬元，常務監事宮：臺南縣北門東隆宮15萬元，理事宮：臺南縣歸仁仁壽宮5萬元、臺南市舊和順慈安宮5萬元、臺南市市仔頭福隆宮5萬元、嘉義市仁武宮5萬元，雲林縣元長鰲峯宮5萬元、彰化縣二林萬興保安宮5萬元、臺中沙鹿慶安宮5萬元、桃園縣新屋保生宮5萬元、花蓮吉安鄉保勝宮5萬元、澎湖縣馬公市五德威靈宮5萬元，嘉義民雄保生大帝廟3萬元、嘉義大林沙崙萬寧宮1萬元，監事宮：臺北縣淡水祈福保生宮5萬元、宜蘭縣新生帝王廟5萬元、雲林縣大埤廣福宮5萬元、臺南縣佳里應元宮5萬元、高雄市新庄仔青雲宮5萬元。另外，常務理事宮金門縣烈嶼鄉保生大帝廟捐款2萬元、理事宮臺南縣歸仁仁壽宮5萬元、顧問陳榮達捐款2萬元作為賑災款。
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- 莫拉克風災重創南臺灣，本會顧問吳傳輝先生向本會提報屏東佳冬萬壽宮境內206戶及臺南縣含西港開仙真宮提報境內136戶為受災戶，總會每戶發給慰問金1000元。
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- 大陸厦門市海滄區赴臺交流考察團，由林世粦副書記領隊，分別於民國98年9月14日拜訪本會監事副主席宮臺中市元保宮、9月15日副理事長宮臺南縣學甲慈濟宮及9月19日理事長宮臺北市大龍峒保安宮作宗教文化交流。
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- 民國98年10月10日，本會第一屆第五次理監事會議在金門烈嶼保生大帝廟召開。並邀請大陸白礁慈濟宮、青礁慈濟宮、廈門市鷺島保生大帝廟宇聯誼會等十八間宮廟及新加坡文山聯誼社參加。會中通過本會架設網路，其內容包括本會創立緣起與轉型、大事紀要、歷任會長介紹、理監事名錄、臺灣保生大帝宮廟介紹、真人刊、活動紀錄等等。次日並至沙美萬安堂、瓊林保護廟、珠山大道宮等3宮廟參香。
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- 民國98年10月12日，廈門市鷺島保生大帝廟宇聯誼會由會長湖里社鳳和宮理事長楊永成率領廈門市16間保生大帝宮廟執事及信眾共52人參訪本會理事長宮，廈門衛視電視臺也隨團採訪，中午接受本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮午宴款待，隨後一行參訪團於10月14日拜訪本會副理事宮臺南縣學甲慈濟宮、10月15日拜訪會員宮高雄市左營慈濟宮作宗教文化交流並接受晚宴款待。
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- 民國98年11月13日至15日，本會理事長廖武治等一行17人前往廈門與福建省人民政府臺辦商討「2010年海峽兩岸保生文化祭」活動事宜，並贈匾廈門湖里鳳和宮及安溪石門玉湖殿。
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- 民國98年11月22日，本會會員宮南投縣埔里天旨宮新廟工程舉行上樑儀式，本會理事長廖武治及臺北縣蘆洲保和宮、臺南縣學甲慈濟宮、南投縣草屯龍德廟、臺中市元保宮前往參加，會後一行人前往草屯龍德廟參訪。本會賑災小組在南投縣草屯龍德廟會議室決議賑災款發給高雄縣那瑪夏鄉、甲仙鄉、桃源鄉學校受災必須易地就學之學生，每位學生1000元助學金。
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- 民國98年12月8日至15日，新加坡保生大帝敬香團前來臺灣參訪，成員包括真人宮、鵬峰宮、保生廟、鎮南廟廣壽堂、巃川殿、帝君壇及延陵吳氏總會與儒林張氏公會等8間保生大帝宮廟代表以及其信眾共234人來臺參訪，12月9日參訪臺南縣學甲慈濟宮、屏東縣北勢寮保安宮、臺南縣歸仁仁壽宮，12月10日參訪臺中市元保宮，12月11日參訪新竹市仙水鎮安宮、宜蘭縣草湖玉尊宮，12月12日參訪臺北市大龍峒保安宮、臺北縣蘆洲保和宮，12月14日臺北市大龍峒保安宮宴請新加坡保生大帝敬香團一行及受訪宮廟包括蘆洲保和宮、新竹仙水鎮安宮、臺中元保宮、臺南學甲慈濟宮、臺南歸仁仁壽宮、屏東北勢寮保安宮、宜蘭草湖玉尊宮等。
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- 民國98年12月10日，本會理事宮桃園新屋永安保生宮舉行慶成五朝祈安福醮祭典，本會理事長廖武治及副理事長宮臺南縣學甲慈濟宮、監事副主席臺中市元保宮參加。
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- 民國98年12月10日，臺南縣政府由副縣長顏純左帶領臺南縣55間績優寺廟的代表120人至本會理事長宮臺北市大龍峒保安宮參訪，績優寺廟有南鯤鯓代天府、北門東隆宮、麻豆代天府、新營太子爺廟、白河福安宮、學甲慈濟宮、下營上帝廟、鹽水武廟、歸仁仁壽宮、佳里金唐殿等，當晚接受臺北市大龍峒保安宮晚宴招待。
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- 民國98年12月19日，本會第一屆第三次會員大會，在高雄市前鎮區獅甲廣濟宮召開，臺北市大龍峒保安宮以行之有年的三獻禮祭典首次移師到高雄舉行，大會前臺北市大龍峒保安宮誦經團亦在廣濟宮大殿內諷誦「大道真經」。
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- 民國98年12月22日，本會理事長廖武治至高雄縣大樹鄉、旗山鎮、六龜鄉、桃源鄉三民國中、民族國小、民生國小、小林國小、桃源國中、樟山國小等學校，八八風災易地就學學校受災學生發放12個月助學金，共發給465位學生，總計金額465,000元。
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- 民國98年12月25日27日，本會理事長廖武治為「2010海峽兩岸保生文化祭」至大陸福州、泉州、廈門、漳州邀請保生大帝各宮廟代表赴臺參加「2010海峽兩岸保生文化祭」。
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